Il complesso museale, adiacente alla Chiesa dei santi Jacopo e Filippo al centro del borgo medievale di Certaldo, si sviluppa dall’Oratorio della Compagnia del Preziosissimo sangue di Gesù, già dedicato alla Santissima Annunziata, agli ex ambienti conventuali, di cui fanno parte la cella della Beata Giulia, il chiostro, il giardino e i sotterranei.

L’ingresso si trova nella piazzetta, un tempo cimitero dedicato alla sepoltura conventuale.

Il Museo è stato inaugurato il 30 giugno 2001, allestito nell’ambito del progetto Piccoli Grandi Musei, promosso dalla soppressa Soprintendenza fiorentina al Polo museale e al Patrimonio storico-artistico, finanziato della Fondazione CR di Firenze e con il sostegno della Regione Toscana, per creare un sistema museale integrato con le altre realtà del territorio della Valdelsa inferiore e fiorentina: dal Museo della Collegiata di Empoli a quelli di Castelfiorentino, di Montespertoli e di Tavarnelle Valdelsa, toccando anche il Sacro Monte di San Vivaldo, nel comune di Gambassi Terme, la Gerusalemme in miniatura dove ogni cappella ospita gruppi scultorei in terracotta invetriata dei Della Robbia, della bottega dei Buglioni e di Agnolo di Polo.

Musei che nel tempo hanno garantito al patrimonio culturale del territorio, espressione di secolare fede e religiosità, tutela e valorizzazione attraverso percorsi connessi fra di loro in grado di farlo conoscere ad un pubblico sempre più vasto e sempre più interessato.

Non solo un progetto museale per la narrazione di una storia di ininterrotta creatività artistica dalle chiese del Vicariato di Certaldo, ma anche occasione per valorizzare le opere collocate presso la Propositura di San Tommaso in Borgo, dove erano state riparate dopo il loro ritiro dalla Mostra Arte in Valdelsa del 1963 allestita nel Palazzo Vicariale di Certaldo e in larga parte restaurate presso l’allora Gabinetto di Restauro degli Uffizi e l’Opificio delle Pietre Dure.