Il patrimonio del Museo, estremamente ricco e vario, comprende dipinti, sculture, oreficerie e paramenti sacri, beni disposti in sezioni e in ordine cronologico, provenienti dal vicariato ecclesiastico di Certaldo, soprattutto da chiese non più officiate o addirittura dirute. Importanti sono le opere residuali del soppresso convento, facilmente identificabili per la raffigurazione di santi agostiniani o perché rintracciati attraverso studi o documenti di archivio, ultime testimonianze della presenza dell’ordine agostiniano insediatosi nella Canonica dedicata ai santi Michele e Jacopo intorno al 1401.

Attualmente è in corso il progetto di adeguamento a spazio museale del piano superiore, ai fini di un migliore e più comprensibile allestimento della raccolta d’arte.